درباره دوره:
درس الگوریتمهای بیوانفورماتیک در نیم سال اول سال تحصیلی 99-98 ضبط شده است.
تا قبل از این، سه درس در زمینهی مباحث عملی و کاربردی بیوانفورماتیک ضبط و در سایت مکتبخونه به اشتراک گذاشته شده بود:
درس الگوریتمهای بیوانفورماتیک رویکردی عمیق به مباحث الگوریتمی و نظری بیوانفورماتیک دارد. این درس که در دورهی کارشناسی ارشد بیوانفورماتیک دانشگاه صنعتی شریف ارائه گردیده است به شما میآموزد که چطور با مسالههای چالشبرانگیز تحلیل ژنوم، ترانسکریپتوم و پروتئوم روبرو شوید، چطور آنها را به زبان علوم رایانه درآورید و سپس با طراحی الگوریتمهای خلاقانه، آن را حل کنید.
*****اسلایدهای درس را از اینجا دانلود کنید.*****
با سپاس فراوان از دکتر شریفی زارچی که با وجود مشکل قلبی پیش آمده برای ایشان و بستری شدن در بیمارستان، متعهدانه و به بهترین شکل این درس را به پایان رساندند.
الگوریتمهای بیوانفورماتیک:
1 – جلسه اول: الگوریتم شار بیشینه و کاربرد آن در RNAseq Isoform Quantification
2 – جلسه دوم: مسأله شار بیشینه (Maximum Network Flow Problem) – بخش اول
3 – جلسه سوم: مسأله شار بیشینه (Maximum Network Flow Problem) – بخش دوم
4 – جلسه چهارم: تطابق دو بخشی (Maximum Bipartite Matching)
5 – جلسه پنجم: اسمبل کردن ژنوم (De Novo Genome Assembly)
6 – جلسه ششم: بلوم فیلتر (Bloom Filter)
7 – جلسه هفتم: درخت پسوندی، ترای پسوندی (Trie, Suffix Trie & Suffix Tree)
8 – جلسه هشتم: کاربردها و نحوهی ساختن درخت پسوندی (Suffix tree applications and creation)
9 – جلسه نهم: برنامهنویسی خطی (Linear Programming) – بخش اول
10 – جلسه دهم: برنامهنویسی خطی (Linear Programming) – بخش دوم
11 – جلسه یازدهم: آنالیز شبکه متابولیک
12 – جلسه دوازدهم: الگوریتمهای تقریبی (Approximation) – بخش اول
13 – جلسه سیزدهم: الگوریتمهای تقریبی (Approximation) – بخش دوم
14 – جلسه چهاردهم: تطابق چند رشته (Multiple Sequence Alignment)
15 – جلسه پانزدهم: الگوریتمهای همسایگی تقریبی (Approximate Nearest Neighbors & MinHash)
16 – جلسه شانزدهم: پیادهسازی و بکارگیری MinHash
17 – جلسه هفدهم: متاژنومیکس و مینیمایزرها (Metagenomics & Minimizers)
18 – جلسه هجدهم: ادامه ی Minimizers و الگوریتم Kraken
19 – جلسه نوزدهم: تطابق ژنوم (Genome Alignment) – بخش اول
20 – جلسه بیستم: تطابق ژنوم (Genome Alignment) – بخش دوم
21 – جلسه بیست و یکم: ژنومیک مقایسهای (Comparative Genomics)
22 – جلسه بیست و دوم: الگوریتم Kallisto برای تحلیل RNA-Seq و روش Bootstrapping
23 – جلسه بیست و سوم: تحلیل دادههای پروتئومیک
24 – جلسه بیست و چهارم: تحلیل دادههای پروتئومیک: Non-ribosomal peptides, Dereplicator